Điều 49 thông tư
38/2015/TT-BTC quy định xử lý
tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đối với hàng hóa xuất
nhập khẩu như sau:
1. Tiền thuế, tiền chậm nộp,
tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là nộp thừa trong các trường
hợp:
a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền
phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp (bao gồm cả
thuế giá trị gia tăng đã nộp đối với hàng hóa đã nhập khẩu nhưng tái xuất trả
lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu
phi thuế quan; hàng hóa đã xuất khẩu nhưng nhập khẩu trở lại Việt Nam; hàng hóa
nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy
định, sau đó đã
thực tế xuất khẩu sản phẩm) đối với
từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước
thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền
thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với
nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp
thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; trừ trường
hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp
luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy
định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế;
b) Người nộp thuế có số tiền
thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu,
thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá,
thuế chống trợ cấp.
2. Hồ sơ, thủ tục xử lý đối với
số tiền thuế được hoàn quy định tại
điểm b khoản 1 Điều này thực hiện theo hướng dẫn tại mục 4 chương VI Thông tư
này.
3. Việc xử lý đối với số tiền
thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản 1 Điều này được hướng
dẫn như sau:
a) Hồ sơ bao gồm:
a.1) Công văn đề nghị xử lý
tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt: 01 bản chính, trong đó nêu rõ:
Số tờ khai hải quan; số chứng từ nộp thuế, tiền chậm nộp; số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp; số tiền
thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp; số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt
nộp thừa; lý do nộp thừa, hướng xử lý;
a.2) Các chứng từ, tài liệu
chứng minh số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: 01 bản chụp (trừ trường hợp khi đăng ký tờ khai hải
quan, người nộp thuế đã nộp chứng từ này trong hồ sơ hải quan);
a.3) Biên lai nộp phạt: nộp 01 bản chụp.
b) Cơ quan hải quan nơi người
nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa có trách nhiệm tiếp
nhận, kiểm tra hồ sơ do người nộp thuế nộp, đối chiếu với hồ sơ hải quan gốc
lưu tại đơn vị, tính chính xác, đúng quy định của hồ sơ và xử lý như sau:
b.1) Trường hợp xác định thực
tế số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền
chậm nộp, tiền phạt phải nộp; kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban
hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số
11/QĐHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này;
b.2) Trường hợp xác định thực
tế số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền
chậm nộp, tiền phạt phải nộp nhưng kê khai của người nộp thuế về số tiền thuế,
tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa chưa chính xác thì thông báo bằng văn bản cho
người nộp thuế biết và ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền
phạt nộp thừa phù hợp với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đúng
theo quy định;
b.3) Trường hợp xác định thực
tế không có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế,
tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp; cơ quan hải quan thông báo bằng văn bản cho
người nộp thuế biết, nêu rõ cơ sở xác định không có số tiền thuế, tiền chậm
nộp, tiền phạt nộp thừa.
c) Thời hạn cơ quan hải quan xử
lý hồ sơ nêu tại điểm b khoản này là 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ
hồ sơ đề nghị trả lại tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;
d) Trên cơ sở quyết định hoàn
tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; cơ quan hải quan nơi người nộp
thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải thanh khoản số
tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cập nhật các thông tin số tiền
thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa trên Hệ thống của cơ quan hải quan.
4. Thẩm quyền quyết định hoàn
tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Cơ quan hải quan nơi có phát sinh
tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quyết định hoàn tiền thuế, tiền
chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.
5. Số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa được xử lý đồng
thời với hoàn thuế nhập khẩu (nếu có) và thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 132 của thông tư này.