Tại khoản 6,7 điều 12 thông tư
156/2013/TT-BTC hướng dẫn khai thuế TNDN đối với Đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã
hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch
vụ và đối với trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao
gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh,
thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính như sau:
6. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp quý tính theo tỷ lệ %
trên doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ (không bao gồm trường hợp khai thuế thu nhập
doanh nghiệp tạm tính quý dành cho người nộp thuế khai theo tỷ lệ thu nhập chịu
thuế trên doanh thu) áp dụng đối với: Đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ
chức chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp có phát sinh hoạt động kinh
doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các
đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi
phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh.
Đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã
hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp thực hiện kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp
theo quý tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa dịch vụ theo tờ khai thuế
thu nhập doanh nghiệp mẫu số 04/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức
chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp có phát sinh thường xuyên hoạt động
kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp
thì được kê khai hàng quý và không phải thực hiện quyết toán thuế thu nhập
doanh nghiệp năm.
Trường hợp đơn vị sự nghiệp, tổ chức chính trị, tổ chức
chính trị xã hội và tổ chức xã hội nghề nghiệp không phát sinh thường xuyên hoạt
động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp
thì thực hiện kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng lần phát sinh.
7. Khai thuế thu
nhập doanh nghiệp đối với trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả
cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành
phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi
nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở
chính có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại nơi
đóng trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
Số thuế thu nhập
doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản
xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải
nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với
tổng chi phí của doanh nghiệp.
Doanh nghiệp tại
nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp
đối với số thuế thu nhập phát sinh tại trụ sở chính và tại cơ sở sản xuất hạch
toán phụ thuộc theo mẫu số 01-1/TNDN (đối với khai tạm tính quý) và theo mẫu số 03-8/TNDN (đối với khai
quyết toán năm) cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính đồng thời gửi một bản cho
các cơ quan thuế quản lý các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
a) Thủ tục luân
chuyển chứng từ giữa Kho bạc và cơ quan thuế
Căn cứ số thuế thu nhập doanh nghiệp được tính nộp tại
nơi có trụ sở chính và các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc trên phụ lục số 01-1/TNDN (đối với khai tạm tính quý) và phụ lục số 03-8/TNDN (đối với khai quyết toán năm), doanh nghiệp lập chứng từ nộp thuế
thu nhập doanh nghiệp cho địa phương nơi có trụ sở chính và từng địa phương nơi
có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc. Trên chứng từ nộp thuế phải ghi rõ nộp
vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước đồng cấp với cơ quan
thuế nơi trụ sở chính đăng ký kê khai thuế và địa phương nơi có cơ sở sản xuất
hạch toán phụ thuộc. Kho bạc Nhà nước nơi đóng trụ sở chính chuyển tiền và
chứng từ thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước liên quan để hạch toán thu
ngân sách nhà nước phần thuế của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.
b) Quyết
toán thuế
Doanh nghiệp
khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính, số thuế
thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh
nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi đóng trụ sở chính
và tạm nộp tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh
nghiệp còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ
tại nơi đóng trụ sở chính và tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc.
Xem thêm: Nộp hồ sơ khai thuế TNDN như thế nào?