Căn cứ TT số 99/2016/TT- BTC ngày 29/6/2016 về việc ap dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT & hướng dẫn về Quản lý hoàn thuế GTGT, hiệu lực từ ngày 13/8/2016.Theo đó, áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro trong việc giải quyết hoàn thuế  GTGT, cụ thể:

Áp dụng biện pháp nghiệp vụ hải quan đối với một số trường hợp rủi ro  cao về thuế

Cơ quan thuế ứng dụng CNTT theo quy định của pháp luật về giao dịch  điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế GTGT

Quy trình hoàn thuế :

+ Hồ sơ hoàn.. Người nộp thuế được gửi hồ sơ  hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua  đường bưu chính

+ Cơ quan thuế trả lời công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế

1. Việc đánh giá rủi ro được thực hiện theo quy định của khoản 1  Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; TT số 204/2015/TT-  BTC ngày 21/12/2015

2. Quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT áp dụng theo quy định Luật quản lý thuế và Luật  số 106/2016/QH13

Phân loại hồ sơ  giải quyết hoàn thuế gồm:

+ Hoàn thuế trước, kiểm tra sau

+ Kiểm tra trước, hoàn thuế sau: đối tượng rủi ro cao thuộc diện hoàn thuế  sau

b) Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế GTGT  theo quy định của Luật quản lý thuế.

Kiểm tra sau hoàn thuế  được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn  mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Xem thêm: Tiền phạt phát sinh trong hoàn thuế GTGT